Бывают такие случаи, когда в результате написания кода, программист использует порты и пины, которые предусмотрены для программирования и отладки через интерфейсы SWD и JTAG, после чего данные интерфейсы становятся не доступными и программатор перестает "видеть" микроконтроллер.